Trường Nguyễn Khuyến cung cấp dịch vụ nội trú cho cả cấp two và cấp 3. Đối với học sinh không học tại Nguyễn Khuyến từ cấp 2 và muốn thi vào lớp 10, yêu cầu đặt ra là học sinh phải có học lực ở mức Khá, Giỏi và hạnh kiểm tốt từ lớp 6 đến lớp nine.Khu nội trú